东南大学艺术学院的艺术教育历史可以追溯到两江师范学堂阶段，1906年，督学李瑞清在此开设“图画手工科”，是我国现代艺术教育的发源地。其后，著名美术教育家吕凤子、艺术大师李叔同、美学家宗白华以及徐悲鸿、张大千、傅抱石、陈之佛、吕斯百、吴作人等都曾执教于此，创造了东南大学艺术教育与艺术研究的辉煌历史和传统。

1994年，东南大学邀请张道一先生筹建艺术学系，复设艺术学科，设立工业（艺术）设计专业，招收专科生。

1996年，中国国务院学位办率先确立艺术学学科体制，并首先在东南大学确立二级学科艺术学硕士点。同年，艺术学系招收工业设计本科生，并设立艺术学硕士点。

1998年，艺术学系设立全国唯一的二级学科艺术学博士点；

2002年，设立设计艺术学硕士点。2003年，艺术学系设立全国首个艺术学博士后流动站。

2004年，艺术学被列为江苏省重点学科。艺术学在教育部第一轮学科评估中排名全国第二。

2005年，产品设计专业被东南大学确定为校特色专业进行建设。

2006年艺术学系与艺术传播系组建为东南大学艺术学院。学院下设四个系，即艺术理论系、设计系、美术系、动画系。

2007年被教育部增列为国家重点学科，成为江苏首家、唯一的艺术类国家重点学科，也是我国首家、唯一属于二级学科艺术学的国家重点学科、唯一设在综合性大学的艺术类国家重点学科。

2010年获批江苏省高校哲学社会科学重点研究基地。

2011年艺术学理论学科被评为江苏省一级学科重点学科。

2012年教育部学科评估中，东南大学艺术学理论学科评为A+学科，位列全国第一。

2014年获江苏省文化厅首批江苏省非物质文化遗产研究基地。

2014年艺术学理论获批江苏省优势学科建设。

2017年，东南大学艺术学理论学科被教育部“双一流”评选中列为一流建设学科。

2018年，艺术学院主持的古琴传承被教育部列为第一批中华优秀传统文化传承基地。

2020年，艺术学院牵头申报的“东南大学中华民族视觉形象研究基地”获批为中央四部委联合设立的铸牢中华民族共同体意识研究基地。

在一大批颇具影响力的艺术学学者的推动下，持续拓展艺术学研究范畴，并加强凝练学科特色和研究方向，逐渐成为全国有重大影响的艺术学学术重镇和理论研究中心。